A CEITEC ocupa uma área de 14,7 mil m². Desse total, 9,6 mil m² são ocupados pela Fábrica. Nesse espaço, 2 mil m² são dedicados à Sala Limpa (classes ISO 5 e ISO 7), ambiente controlado que se caracteriza por um grau de limpeza comparável ao da mais avançada UTI de um hospital moderno. É o local onde os wafers são industrializados, testados, afinados e cortados e os chips, encapsulados. No restante do espaço da Fábrica estão localizadas as instalações de infraestrutura, como a planta de água ultrapura e os sistemas de eletricidade, ar-condicionado e gases especiais, entre outros. Os outros 5,1 mil m² são destinados ao Prédio Administrativo, que abriga todas as Diretorias, além do Laboratório de Desenvolvimento.